As lendas existentes sobre o Convento de Mafra são: que existem ratos gingantes a habitarem nos subterrâneos do Convento, onde durante a noite eles saem para comer tudo aquilo que apanharem, desde cães e gatos, até pessoas.

A outra lenda que existe é que existe uns túneis que vão até à Ericeira, onde tem cerca de 10 kms de distância, onde D. Manuel II, partiu para o exílio, que foi a 5 de Outubro de 1910, onde atualmente esses túneis são infestados por ratazanas cegas.

A lenda dos pombos motivara a existência de ratazanas assassinas, no Convento, onde essa lenda existiu quando houve um caso de um soldado da Escola Prática de Infantaria, que estava no terraço a caçar pombos com um colega, mas ao caiu directamente para os canais dos esgotos. O colega não comunicou logo o acidente aos seus superiores para não ser castigado, umas semanas mais tarde, o corpo foi encontrado roído pelas ratazanas.